पौराणिक कथा के अनुसार, रामायण की लड़ाई के दौरान, जब लक्ष्मण को एक तीर से बेहोश कर दिया गया था, वैद्य सुशेन के अनुरोध पर, भगवान राम ने उन्हें ठीक करने के लिए अपने भक्त हनुमान से हिमालय से संजीवनी बूटी लाने के लिए कहा। जब हनुमान संजीवनी बूटी लेने जा रहे थे, रास्ते में उन्होंने एक ऋषि को एक पहाड़ पर ध्यान करते हुए देखा। संजीवनी के बारे में जानकारी प्राप्त करने के लिए, हनुमान उस पर्वत पर उतरे और "यक्ष" ऋषि से मिले।

ऋषि यक्ष द्वारा निर्देशित पाकर हनुमान ने उनसे हिमालय लौटने का वादा किया। लेकिन हनुमान को रास्ते में कालनेमि राक्षस ने युद्ध को ललकारा। राक्षस को युद्ध में परास्त कर हनुमान मे संजीवनी प्राप्त की लेकिन इस कारण हुए विलंब के कारण हनुमान "यक्ष" ऋषि से मिलने वापस नहीं जा सके। जब हनुमान नहीं लौटे तो ऋषि चिंतित हो गए। तो हनुमान स्वयं ऋषि के सामने पर्वत पर प्रकट हुए। ऐसा कहा जाता है कि ऋषियों ने उसी स्थान पर हनुमान की एक मूर्ति स्थापित की थी। आज भी यह मूर्ति मंदिर में स्थापित है।

ऋषि "यक्ष" के नाम पर पर्वत को शुरू में "यक्ष" नाम दिया गया था। लेकिन यह "यक्ष" के "याक", "याक" के "याखू" और "याखू" के "जाखू" में भ्रष्ट हो गया था। हनुमान के पदचिन्हों को संगमरमर में उकेरा गया है और संरक्षित किया गया है। पर्यटक आज भी इसे देखने आ सकते हैं।

ऐसी मान्यता है कि लंका में युद्ध के दौरान मूर्छित लक्ष्मण को बचाने के लिए हनुमान जी आकाश मार्ग से संजीवनी बूटी लेने के लिए हिमालय की ओर जा रहे थे, तो अचानक उनकी दृष्टि जाखू पर्वत पर दिव्य ज्योति व तपस्या में लीन यक्ष ऋषि पर पड़ी. बाद में यक्ष ऋषि के नाम पर ही इस भव्य धाम का नाम जाखू पर्वत पड़ा.